マスター転写因子（前後軸）
| 転写因子 | 機能 | 欠損疾患 |
|---|---|---|
| SOX2 | 前腸（食道・胃）アイデンティティ | 食道閉鎖の発生 |
| CDX2 | 中後腸（小腸・大腸）アイデンティティ | 腸異所性分化 |
| PDX1 | 膵芽形成・β細胞維持 | MODY4、新生児糖尿病 |
| HNF4A | 肝細胞・腸吸収細胞分化 | MODY1 |
| PTF1A | 膵外分泌・小脳発生 | 膵無形成 |
腸幹細胞ニッチ: Wnt/Notch/BMP
陰窩底で Wnt（Paneth/間質由来） と Notch を高濃度に受けると幹細胞性を維持、絨毛側で BMP が増加し分化を駆動する。
主要疾患遺伝子
| 疾患 | 遺伝子 | 病態 |
|---|---|---|
| 家族性大腸腺腫症 (FAP) | APC | Wnt 経路恒常活性 → 大腸腺腫多発 |
| Lynch 症候群 (HNPCC) | MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 | DNA ミスマッチ修復異常 → MSI-H 大腸癌 |
| Wilson 病 | ATP7B | 銅排泄障害 → 肝硬変 + 神経症状 |
| Hereditary hemochromatosis | HFE | 鉄過剰 → 肝硬変 |
| MODY (1-13) | HNF4A/GCK/HNF1A/PDX1… | 単一遺伝子糖尿病 |
| 嚢胞性線維症 | CFTR | 膵管閉塞 → 慢性膵炎、外分泌不全 |
エピジェネティクス
- 大腸癌での CpG island methylator phenotype (CIMP): MLH1 等のプロモータメチル化で MSI-H
- 肝細胞癌での DNA メチル化異常 + HBV 組込み